Dünya, giderek bir gıda sıkıntısına doğru yol almaktadır. Bunun arkasında yatan sebep, organik ve yerel tohumların yeterince korunmaması sebebiyle hızla azalması ve kaybolması, kaybolmayanların ise etkinliğini zamanla kaybetmesidir. Üretilen gıdaların yerini genetiği değiştirilmiş tohumların ürünü almıştır. Son kalan yerel tohum ise, törenle ekilecekken bir karga tarafından çalınır. Tohumu çalan kişi, diğer tohumların yok olmasına yol açan kötü niyetli profesör ve Kara Laboratuvarları'nın sahibi olan "Ali Cengiz Kapkara"dır. Amacı, tüm dünyaya kendi sağlıksız tohumlarından ürünler sunmak ve gıda pazarını kontrol ederek dünya üzerinde egemenlik sağlamaktır. "Köstebekya"da durum ise tamamen farklıdır; ulu bir ağacın kökleri çevresinde, antik bir tohum, reçine ile korunmuş bir kap içinde, ağacın gövdesinin yer altında saklanmaktadır ve tüm yerel tohumları yeniden canlandırma potansiyeline sahiptir. Tam güneş tutulmasının ardından, ilk güneş ışınları reçineli yerel tohum ile temas ettiğinde, ağacın dallarından etrafa ışık yayılacak ve dünyadaki tohumlar yeniden hayat bulacaktır. Bu gerçeği öğrendiğinde, profesör kendisini bekleyen tehlikeyi kavrar. Hızla Köstebekya'yı bularak o tohumu almak için harekete geçecektir. Gerçekten de Köstebekya'yı bulup tohumu çalar. Boyo, Süslü, Kösteban ve aralarına gizlice sızan Cici, yerel tohumu geri almak için profesörün peşine düşer.